宿主–微生物生物学 / 已执行计算公开案例 / 宿主–微生物

可自行复算的比较。

在 GSE90944 中，十个预先指定的转录本在 F. nucleatum 暴露与培养基对照 HT-29 样本间有何描述性差异？

来源实验GSE90944 · 2017

已提交样本3 个对照样本 / 3 个暴露样本

预先选定的展示范围10 个基因 / 60 项计数

Predome 的工作计算复现

研究问题

在这一选定范围内，
转录本计数有何差异？

原研究者将 HT-29 结直肠癌细胞暴露于 F. nucleatum，并提交了处理后的 RNA-seq 基因计数表。Predome 重新读取这些表格，核对六个完整文库的分母，再进行小范围、来源可追溯的描述性比较。

本案例仅考察所展示的转录本计数，未检验化疗反应、患者结局、蛋白功能或因果机制。

查看 GEO 官方记录

计算过程演示

观看核查过程。
了解适用边界。

用 25 秒可视化呈现已保存的计算输出。下方可查验来源核查、样本数值和结果指纹。

代码渲染的已保存输出 · 非实时运行、录屏或湿实验影像。

实际输出 / 样本级数据

保留每一个样本点。

所选基因

圆点：已提交样本。虚线：算术均值。此处未展示置信区间，也未进行显著性检验。

ULK1 / 描述性 CPM

对照组均值: 55.02
暴露组均值: 76.60
组均值之比: 1.392×
Log₂ 比值: 0.477

CPM = 计数 ÷ 全部已分配基因计数 × 1,000,000。比值由两组的算术均值计算，不添加伪计数。

ULK1：来源计数及计算得到的 CPM
样本	分组	来源计数	文库分母	CPM
NC1GSM2417930	培养基对照	1,022	18,618,711	54.891
NC2GSM2417931	培养基对照	949	17,041,899	55.686
NC3GSM2417932	培养基对照	887	16,278,512	54.489
Fn1GSM2417927	F. nucleatum	918	15,330,313	59.881
Fn2GSM2417928	F. nucleatum	1,488	18,457,238	80.619
Fn3GSM2417929	F. nucleatum	1,396	15,633,744	89.294

计算执行记录

输入、核查与输出。

脚本已完成

以下为已发布 Python 运行的实际阶段，使用确定性代码，未调用语言模型。

确定性 Python / 已完成

来源核验

开始时间: 2026-11-02 06:00:05 UTC
耗时: 147.035 ms

{
  "archive_sha256": "e4c78d89055b94cf18730e098aa8326ad5a7ae8468b0bb3392102d4085eb1459",
  "tables": 6,
  "table_rows": {
    "GSM2417927": 56643,
    "GSM2417928": 56643,
    "GSM2417929": 56643,
    "GSM2417930": 56643,
    "GSM2417931": 56643,
    "GSM2417932": 56643
  },
  "source_date": "2017",
  "source_kind": "submitter-provided processed HTSeq counts; not FASTQ"
}

已发布运行时间： 2026-11-02 06:00:05 UTC来源实验：2017 年 · 并非新开展的湿实验

结果支持什么

一项描述性观察。
一项适用范围明确的结论。

这一选定公开数据子集中的转录本丰度差异仅为描述性结果，不能据此确立自噬活性、因果机制、化疗耐药性或临床疗效。

这十个基因在本次计算前已选定用于展示，并非本次发现的特征组合，也不代表无偏的全基因组筛查。

其他可能解释与缺失证据

已提交的元数据无法确认样本是否为独立生物学重复。
按文库大小调整不能消除批次效应或组成效应。
RNA 丰度并非蛋白活性或自噬通量的直接测量值。
所展示的子集不含化疗组、细胞活性测定或患者反应数据。

拟议的后续验证 · 尚未执行

审查样本独立性及批次元数据。
在独立数据集上重复预先指定的分析。
在对蛋白功能或药物反应作出结论前，开展适当的实验测定。

方法与来源文件

下载完整记录。

下载原始处理后计数压缩包、来源元数据和离线复现脚本。重新运行时，时间戳会变化；计算结果的指纹应保持一致。

案例复现包 · ZIP 完整案例报告 · JSON 样本测量值 · CSV 基因汇总 · CSV 复现脚本 · Python 原始处理后计数 · TAR

原始压缩包 SHA-256: e4c78d89055b94cf…2d4085eb1459
计算结果 SHA-256: 2275357f2ef27fcb…7b2c12852ee1

文件指纹用于检查内容是否一致，不能独立证明创建时间或科学结论的真实性。

从案例到项目

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从范围明确的计算或预测任务入手，并确定清晰的验证路径。

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在这一选定范围内，转录本计数有何差异？

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